Ο ναός του Πρωτάτου εκτός από την ενδιαφέρουσα οικοδομική ιστορία του, η οποία αρχίζει πολύ πριν το 963, διασώζει ένα από τα καλύτερα ζωγραφικά σύνολα της ύστερης βυζαντινής περιόδου.
Συγκεκριμένα οι τοιχογραφίες του αποδίδονται στον περίφημο ζωγράφο Μανουήλ Πανσέληνο την τελευταία δεκαετία του 13ου αιώνα και είναι από τα λαμπρότερα δείγματα της λεγόμενης Μακεδονικής Σχολής στη ζωγραφική.