Αναφερόμενος στη συζήτηση περί διαχωρισμού Κράτους-Εκκλησίας, τόνισε:
«Ακούμε από πολλές πλευρές, είτε από δημοσιογράφους, είτε από παρατάξεις για ιδεολογικούς λόγους, κυρίως, να γίνει χωρισμός Εκκλησίας και Πολιτείας. Αυτό στην πράξη έχει επιτευχθεί. Σήμερα ο θεσμός όπως έχει γίνει, οι σχέσεις, οι ρόλοι είναι διακριτοί. Αλλά και σε αυτό πρέπει να σταθούμε σκεπτικοί, να συζητήσουμε, να δούμε που βρισκόμαστε. Όταν δεχόμαστε αυτές τις προτάσεις - να μην πω επιθέσεις - δεν μπορούμε εμείς να μένουμε απαθείς! Η θέση μου λοιπόν, είναι η εξής: εμείς σαν Εκκλησία, επειδή πιστεύουμε ότι το Γένος μας έχει βγει από τα σπλάχνα της, δεν θα ζητήσουμε ποτέ χωρισμό από την Πολιτεία. Αν όμως έρθει η Πολιτεία και μας πει «δεν σας θέλουμε, φύγετε», δεν μπορούμε να κάνουμε τίποτε άλλο, άλλα ούτε και θα πεθάνουμε. Έχουμε δείξει ότι περνάμε τις δυσκολίες. Τόσους αιώνες είμαστε χωρίς Πολιτεία και τα βγάλαμε πέρα» είπε χαρακτηριστικά ο Αρχιεπίσκοπος.
Συμπλήρωσε μάλιστα πως η θέση του στο θέμα παραμένει: «Δεν φοβόμαστε, θα προχωρήσουμε. Η ζημιά θα είναι για το κράτος μας, για το Έθνος μας».
Ο Αρχιεπίσκοπος αναγνώρισε ακόμη, την ανάγκη αλλαγών στις δομές της Εκκλησίας, λέγοντας παράλληλα ότι υπάρχουν πολλές εκκρεμότητες και ανοικτά θέματα, τα οποία θα αντιμετωπιστούν με τρόπο Συνοδικό. «Έχει έρθει η εποχή να είμαστε ανοιχτοί στις συζητήσεις, με όλα τα κόμματα αλλά και με όλους τους φορείς. Η περιουσία της Εκκλησίας είναι συγκεκριμένη. Να δούμε ποια είναι αυτή περιουσία και πώς όλα αυτά τα χρόνια έχει αξιοποιηθεί από το Κράτος».
