Η περίοδος λίγο πριν, λίγο μετά την Απελευθέρωση αποτελεί αντικείμενο μιας ευρύτατης Επιστημονικής Έρευνας, που διενεργεί η Αγιορειτική Εστία με την επιστημονική εποπτεία του Κρίτωνα Χρυσοχοΐδη, Διευθυντή του Ινστιτούτου Βυζαντινών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών.
Οι ενότητες της έρευνας, που ολοκληρώνεται στο τέλος του 2011 και καλύπτουν το σύνολο των πτυχών, εσωτερικών και διεθνών του Αγίου Όρους, περιλαμβάνουν:
Το Άγιον Όρος, από την οθωμανική αυτοκρατορία στο ελληνικό βασίλειο: η θεσμική οργάνωση.
Η απελευθέρωση του Αγίου Όρους: 3 Νοεμβρίου 1912
Ο Άθως στο επίκεντρο των διεθνών ανταγωνισμών
α. Το Άγιον Όρος και η σλαβική πολιτική
β. Το Άγιον Όρος και ελληνικό βασίλειο
Άγιον Όρος και Θεσσαλονίκη (τέλη 19ου – 1917)
Ο δομημένος χώρος και οι λειτουργίες του
Η τέχνη στον Άθω
Αθωνίτες λόγιοι και αθωνικές έρευνες
Πνευματικός βίος (μοναχός Μωυσής)
Η βυζαντινή μουσική στον Άθω
Η απελευθέρωση του Αγίου Όρους: 3 Νοεμβρίου 1912
Ο Άθως στο επίκεντρο των διεθνών ανταγωνισμών
α. Το Άγιον Όρος και η σλαβική πολιτική
β. Το Άγιον Όρος και ελληνικό βασίλειο
Άγιον Όρος και Θεσσαλονίκη (τέλη 19ου – 1917)
Ο δομημένος χώρος και οι λειτουργίες του
Η τέχνη στον Άθω
Αθωνίτες λόγιοι και αθωνικές έρευνες
Πνευματικός βίος (μοναχός Μωυσής)
Η βυζαντινή μουσική στον Άθω