Η εορτή του Προφήτη Ηλία για τους κατοίκους της Σαντορίνης είναι ιδιαίτερα ξεχωριστή και οι περισσότεροι σπεύδουν να προσκυνήσουν τον ζηλωτή Προφήτη σε μία από τις ακολουθίες που τελούνται από την αδελφότητα της Ιεράς Μονής, που ως φάρος πνευματικός σκεπάζει την Σαντορίνη από το 1711. Είναι άλλωστε μία από τις δύο ημέρες του χρόνου που σύμφωνα με το τυπικό της Ιεράς Μονής παραμένουν ανοιχτές οι πύλες της όλη την μέρα για τους ευλαβείς προσκυνητές (η δεύτερη μέρα είναι η Μεγάλη Παρασκευή).
Μετά τον πανηγυρικό εσπερινό, τελείται κάθε χρόνο Ιερά Αγρυπνία στο εσωτερικό παρεκκλήσιο του καθολικού της Μονής, που είναι αφιερωμένο στην Υπαπαντή του Κυρίου. Η αγρυπνία περιέχει τις ακολουθίες του Μικρού αποδείπνου μετά των Χαιρετισμών στον Προφήτη Ηλία, την Παράκληση του Προφήτη και ταυτόχρονα προσκύνηση αγίων λειψάνων που φυλάσσονται στην Μονή, Μικρό Αγιασμό του Προφήτη Ηλία και εν συνεχεία Θεία Λειτουργία.
Την κύρια ημέρα της εορτής πλήθος προσκυνητών από όλα τα χωριά του νησιού καταφθάνουν και εναποθέτουν προσευχές και δεήσεις στην ιερά εικόνα του Προφήτη Ηλία, ο οποίος κατά παράδοσιν προστατεύει την Σαντορίνη από τις χρόνιες απειλές του σεισμού και της ανομβρίας. Η πανήγυρις της Μονής τελειώνει με τον μεθέορτο εσπερινό, κατά τον οποίο τελείται κτητορικό μνημόσυνο.
Η αδελφότητα της Ι. Μονής ως ελάχιστο και συμβολικό δώρο αγάπης και τιμής στον ταπεινό και άξιο ποιμενάρχη της Ιεράς Μητροπόλεως Θήρας, Αμοργού και νήσων κ. Επιφάνιο, χάρισε έναν πίνακα (σκίτσο) με μία πρωτότυπη σύνθεση που εικονίζει τον ίδιο να θεωρεί τον Καλό Ποιμένα, Ιησού Χριστό, ανάμεσα σε μικρά παιδάκια, με φόντο τα δύο σημαντικά ενεργά μοναστήρια της επαρχείας του, την Ι. Μονή Χοζοβιωτίσσης Αμοργού στην οποία διετέλεσε Ηγούμενος για 38 χρόνια και την πανηγυρίζουσα Ι. Μονή Προφήτου Ηλία Θήρας.
